金融工程系成立于2003年，同年开始招收金融工程专业本科生。金融工程系主要从事金融工程与金融风险管理、量化投资、金融合约理论与应用、房地产金融、资本市场制度与风险、企业金融、金融统计分析等诸多金融领域的研究。金融工程系同时承担本科生和硕士生两个层次的教学任务，开设的课程包括：金融工程学、金融风险管理、金融经济学、金融计量学、量化投资与统计软件、金融大数据分析与应用、粤港澳金融监管制度比较、金融工程专业综合实验课等。2020年10月，金融工程专业获批广东省特色专业。
金融工程系现有专任教师15人，均具有博士学位，其中教授1人，副教授7人，讲师6人；45岁以下中青年老师11人，占比为73%；有海外留学或交流经历的教师7人，占比为47%；其中黄金波副教授入选南岭学者青年拔尖人才。
金融工程系教师主持国家社科基金、国家自科基金、教育部人文社科、广东省社科、广东省自科、广州市社科等各级纵向科研项目20多项；在《经济研究》、《经济学季刊》、《管理科学学报》、《中国管理科学》、《系统工程理论与实践》、《Journal of Economic Dynamics & Control》、《Finance Research Letters》、《International Review of Finance》、《Emerging Markets Finance and Trade》、《Economic Modeling》等国内外核心期刊发表科研论文。金融工程系教师主持广东省教育厅等各级教研项目10多项；在《金融理论与教学》、《教育教学论坛》、《教育现代化》等国内期刊公开发表教研论文。
金融工程系培养的学生成果斐然，近年来有学生获得大学生课外科技作品挑战杯竞赛广东省特等奖2项，一等奖1项，全国特等奖1项，三等奖1项。